В Батайске спустя 11 лет нашли виновного в гибели 800 тысяч рыб в реке Малый Койсуг. В суд передано дело начальника участка «Канализация» Батайского ОАО подразделения «Производственного объединения Водоканал» Александра Сундукова. Его обвиняют в массовом заморе рыбы и раков вследствие загрязнения реки канализационными стоками.

Аварийная ситуация на канализационном коллекторе привела к тому, что с 18 по 23 июля 2009 года в реку Малый Койсуг попало около 1 500 кубических метров хозяйственных и фекальных стоков. В Россельхознадзоре утверждают, что коммунальщики Батайска знали об утечке канализации, но не предпринимали никаких мер. 

В 2009 году в районе Батайска произошла экологическая катастрофа. Погибшую рыбу вынесло на берег, и она пролежала там до тех пор, пока неприятный запах не вызвал возмущения местных жителей.

Река Малый Койсуг периодически подвергается воздействию вредных техногенных факторов: в 2017 году грязную воду сбрасывали в реку по водоотводному каналу в районе гребной базы, в прошлом году в речную воду сливались канализационные стоки от домов нового микрорайона.